Přeložit náš web

Ne, 3. 3. 2024.

Svátek má Kamil.

8.3 C
Olomouc
8.2 C
Prostějov
8.7 C
Přerov
7.9 C
Šumperk
7.3 C
Jeseník
Neděle, 3. března 2024.

Svátek má Kamil.  Dobré ráno.

Vědci z katedry fyzikální chemie vytvořili novou verzi databáze proteinových tunelů ChannelsDB 2.

Výrazné inovace a zlepšení v oblasti výzkumu vnitřního uspořádání proteinů umožní rozšířená verze databáze proteinových kanálů ChannelsDB 2.0, kterou vytvořil vědci z katedry fyzikální chemie přírodovědecké fakulty ve spolupráci s kolegy z Brna. Nová verze databáze, která je dostupná na webové adrese byla rozšířena o struktury předpovězené umělou inteligencí a následně analyzované pomocí algoritmů pro výpočet proteinových kanálů MOLE a CAVER. Aktualizovaná databáze ChannelsDB 2.0 tak rozšířila množství známých proteinových tunelů více než čtyřikrát oproti předchozí verzi. Rozšířenou databázi olomoučtí a brněnští vědci prezentovali v prestižním časopise Nucleic Acids Research.

Proteiny jsou základními stavebními bloky buněk a hrají klíčovou roli v mnoha biologických procesech. Aktivní místa proteinů jsou překvapivě často uvnitř struktury a s okolím jsou spojena prostřednictvím tunelů, pórů či kanálů. Výzkum tunelů tak může sehrát důležitou roli při snaze pochopit, které malé molekuly s proteiny budou interagovat a jak, což představuje klíčovou oblast vědeckého bádání. 

Databáze ChannelsDB tato “tunelová” data schraňuje a prostřednictvím napojení na Protein Databank Europe je nepostradatelným nástrojem pro vědecký výzkum vlivu tunelů v oblasti biomakromolekul a proteinových struktur. „Databáze poskytuje komplexní informace o možných aktivních místech a přístupových cestách, což má zásadní význam pro vývoj nových léčiv a terapeutických přístupů,“ upozornil Karel Berka z katedry fyzikální chemie.

Pro každý tunel je v databázi dostupná jeho vizualizace v proteinové struktuře a také 2D zobrazení jeho průřezu, pomocí kterého jsou zobrazeny poloměry kanálu. „Podstatnou informací, kterou ChannelsDB zobrazuje, jsou aminokyseliny v okolí tunelů a fyzikálně chemické vlastnosti tunelu. Mezi ty patří hydrofobicita, polarita, hydropatie, mutabilita, náboj, a poloměr,“ uvedl Václav Bazgier z katedry fyzikální chemie.

ChannelsDB 2.0 je rozšířená varianta předešlé verze databáze, která již zaznamenala významný posun ve zkoumání struktury proteinů a jejich schopností přenášet malé molekuly. Nová verze se může pochlubit více než dvojnásobným nárůstem zkoumaných unikátních struktur, přičemž důraz je kladen na jednotlivé skupiny tunelů, které se odlišují podle startovacího bodu a aktivního místa. „Tyto skupiny zahrnují anotované kanály z literatury, kanály obsahující aktivní místo z databáze Catalytic Site Atlas, kanály spojené s kofaktory a póry,“ řekl Karel Berka.

Nově byly do databáze přidány skupiny napočítané na cognate ligandech a ve strukturách složených prostřednictvím umělé inteligence. Tyto nové skupiny byly vypočítány pomocí algoritmu MOLE a CAVER. „Klíčovou novinkou je možnost porovnávat výsledky dvou algoritmů – dlouhodobě využívaného MOLE i nově přidaného algoritmu CAVER. Tato inovace přináší vědcům možnost detailního srovnání výsledků a nahlédnutí do aktivních míst v proteinových strukturách s větší přesností,“ dodala Anna Špačková z katedry fyzikální chemie.

Read More

Krátkodobé uzavření sběrného dvora v Příčné ulici

Ve dnech 5. až 11. března 2024 bude ve Sběrném dvoře v Příčné ulici měněna mostní váha. Z tohoto důvodu bude...

Hýbejte se a bavte s univerzitním sportovním centrem

Lekce jógy, společenského tance či indoorcyclingu, skupinový basketbal, florbal nebo volejbal, kurzy jezdectví, horolezectví i plavání. To je jen střípek ze...

Neuteklo vám?

00:07:30

Otevřená radnice 09/2024

Se stížností na hlučnost a prašnost z areálu sběrného dvora se na pořad Otevřená radnice obrátil jeden z našich diváků. Jak na jeho podnět odpoví olomoucký primátor? Nejen to...
00:02:34

Zdobnou fasádu plumlovského zámku čeká nákladná rekonstrukce. Začít má letos

Zámek v Plumlově na Prostějovsku patří k nejzajímavějším turistickým destinacím v našem kraji. Od loňského roku...
00:00:30

Nadace Agel přispěla pětileté Lindě na speciální ortézu

Pětiletá Linda trpí oslabením jedné poloviny těla. Díky speciální ortéze nyní může lépe chodit. Na tu...
00:05:32

Téma týdne 09/2024

Od ledna do března provádí pracovníci Technických služeb na území města Olomouce ořezy stromů. Lidé se...
00:06:52

Víte, že? 09/2024

Pražská ulice je frekventovanou výpadovkou v severozápadní části Olomouce. Řidiči zde musí počítat se zúžením. Kvůli...